Klorhexidin udgør en yderst effektiv antibakteriel skyllevæske, som tillige kan være virksom mod  svampeinfektioner.

Anvendelsen af klorhexidin er typisk efter et kirurgisk indgreb, hvor tandbørstning ikke er mulig i det behandlede område. Proceduren indebærer at skylle mundhulen 2-3 gange dagligt, det vil sige om morgenen, ved middagstid og om aftenen, med en mundfuld ufortyndet klorhexidin. Skyllevæsken bør holdes i munden i 1 minutter, hvorefter den skal spyttes ud.

Det er af afgørende betydning at undlade anvendelse af tandpasta i 2 timer både før og efter skylning, da tandpasta kan reducere den antibakterielle effekt af klorhexidin.